Henryk Kowalczyk w 1980 ukończył studia na Wydziale Matematyki Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1979 – 1990 pracował, jako nauczyciel matematyki w Zespole Szkół Rolniczych w Golądkowie.

Pełnił funkcję wójta gminy Winnica w latach 1990 – 1998 i 1999 – 2005. Od 19 lutego do 31 grudnia 1998 roku zajmował stanowisko wojewody ciechanowskiego. W latach 1999–2002 zasiadał w sejmiku mazowieckim (wybrany został z listy Akcji Wyborczej Solidarność).

W latach 1980 – 1981 przewodniczył komisji zakładowej NSZZ „Solidarność” w Zespole Szkół Rolniczych w Golądkowie. Od 1989 do 1992 r. był przewodniczącym Komitetu Obywatelskiego Gminy Winnica. Należy do Akcji Katolickiej diecezji płockiej (wiceprezes zarządu diecezjalnego w latach 1999 – 2003) oraz Ruchu Światło-Życie.

W latach 1992 – 2003 należał do Zjednoczenia Chrześcijańsko-Narodowego. Od 7 czerwca 2006 r. do 16 listopada 2007 r. był sekretarzem stanu w Ministerstwie Rolnictwa i Rozwoju Wsi oraz pełnomocnikiem rządu ds. kształtowania ustroju rolnego.